進入6世紀之後,東羅馬皇帝查士丁尼(Justinian)成為另一個扭轉西奈半島歷史的關鍵人物。他命人採集花崗岩疊砌出堅實高聳的城牆,並將小教堂擴建成今日所見的規模,使修士們的生活得到實質的保障。隨後,修士們在後堂拱頂添製一幅「基督變容」馬賽克圖,教堂因而正名為「救世主基督變容教堂」(Church of the Transfiguration of the Savior Christ),一直到聖凱瑟琳遺體被發現,教堂才再度更名。
聖凱瑟琳於西元294年誕生於亞歷山大港,她因虔誠信奉基督教而遭處死。據傳,天使於是將她的遺體移至西奈半島的最高峰(現今這座高峰即命名為凱瑟琳山)。3個世紀之後,一名修士發現了聖凱瑟琳完好如初的遺體,並將之運回修道院安置。聖凱瑟琳殉教事蹟經由十字軍傳入了西方,使修道院成為信徒朝聖的聖地,也因而有了更名之舉。
而後修道院歷經阿拉伯、奧圖曼以及拿破崙等政權輪替,始終以其崇高的地位超脫政治的統轄,維持著唯我獨尊的姿態。1966年,慶祝成立1400週年紀念,不僅見證了千百年來政權交替,更見到東正教在埃及的傳播痕跡。懷抱著任何目的前來的訪客都必須牢記,這是一座依然謹守修道戒律的院所,因此,開放參觀的地點及時間都嚴格受限。訪客鑽進窄小的入口,僅能參觀「燃燒的荊棘」和「摩西井」遺址,以及教堂部分廳堂。人潮擁擠在所難免,禮讓是必要的朝聖禮儀。